연말정산 증빙서류를 전자문서로 보관하는 경우 원본도 별도 보관해야 하는지

[질의]

 

1. 사실관계

 

○질의법인은 소속 근로자로부터 국세청 ｢연말정산 간소화서비스｣에서 제공되지 않는 소득·세액공제 증빙자료*를 서면(원본)으로 제출받지 않고 전자화문서로 변환한 pdf 등의 파일로 제출받는 시스템을 도입할 예정이며* 예 : 교회·사찰 기부금 영수증, 안경구입비, 교복구입비 등

- 이에 따라 연말정산 관련 소득·세액공제 증빙자료를 원본 서류가 아닌 전자화문서로 정보보존 장치(내부 전산시스템)에 보관할 예정임

 

2. 질의내용

 

○원천징수의무자인 회사가 근로자의 소득·세액공제 증빙자료 중 연말정산 간소화 서비스에서 조회되지 아니하는 증빙과 관련하여 원본증빙 대신 전자화문서*로 정보보존 장치**에 보관하는 경우

* 종이문서나 그 밖에 전자적 형태로 작성되지 아니한 문서를 정보처리시스템이 처리할 수 있는 형태로 변환한 문서(전자문서 및 전자거래 기본법 §5②)

** 자기테이프, 디스켓, USB, 하드디스크 등- ｢국세기본법｣ 제85조의3에 따른 장부 등의 비치와 보존 의무를 이행한 것으로 볼 수 있는지 여부

 

 

 

[회신]

 

법인이 종이문서나 그 밖에 전자적 형태로 작성되지 아니한 증거서류를「전자문서 및 전자거래 기본법」제5조 제2항에 따른 전자화문서로 변환하여 공인전자문서센터에 보관한 경우에는「국세기본법」 제85조의3 제1항에 따라 장부 및 증거서류를 갖춘 것으로 보는 것이나, 종이문서로 받은 증빙서류를 스캐너를 통하여 전자파일로 정보보존 장치에 보존하는 경우에는 원본증빙서류를 같이 보존하여야 하는 것입니다.

 

 

[요지]

 

원천징수의무자인 회사가 근로자의 소득·세액공제 증빙자료 중 종이문서나 그 밖에 전자적 형태로 작성되지 아니한 문서를 전자화문서로 변환하여 공인전자문서센터에 보관한 경우에는「국세기본법」제85조의3 제1항에 따라 장부 및 증거서류를 갖춘 것으로 보는 것임

 

국기, 서면-2020-법령해석기본-4031 [법령해석과-3567] , 2020.11.03

 

 

 

[관련법령]

 

○ 국세기본법 제85조의3【장부 등의 비치와 보존】

① 납세자는 각 세법에서 규정하는 바에 따라 모든 거래에 관한 장부 및 증거서류를 성실하게 작성하여 갖춰 두어야 한다.

② 제1항에 따른 장부 및 증거서류는 그 거래사실이 속하는 과세기간에 대한 해당 국세의 법정신고기한이 지난 날부터 5년간 보존하여야 한다. 다만, 제26조의2제3항에 해당하는 경우에는 같은 항에서 규정한 날까지 보존하여야 한다.

③ 납세자는 제1항에 따른 장부와 증거서류의 전부 또는 일부를 전산조직을 이용하여 작성할 수 있다. 이 경우 그 처리과정 등을 대통령령으로 정하는 기준에 따라 자기테이프, 디스켓 또는 그 밖의 정보보존 장치에 보존하여야 한다.

④ 제1항을 적용하는 경우 ｢전자문서 및 전자거래 기본법｣ 제5조제2항에 따른 전자화문서로 변환하여 같은 법 제31조의2에 따른 공인전자 문서센터에 보관한 경우에는 제1항에 따라 장부 및 증거서류를 갖춘 것으로 본다. 다만, 계약서 등 위조ㆍ변조하기 쉬운 장부 및 증거서류로서 대통령령으로 정하는 것은 그러하지 아니하다.

 

○ 국세기본법 시행령 제65조의7【장부 등의 비치와 보존】

① 법 제85조의3제3항에서 "대통령령으로 정하는 기준"이란 다음 각 호의 요건을 말한다.

1. 자료를 저장하거나 저장된 자료를 수정ㆍ추가 또는 삭제하는 절차·방법 등 정보보존 장치의 생산과 이용에 관련된 전자계산조직의 개발과 운영에 관한 기록을 보관할 것

2. 정보보존 장치에 저장된 자료의 내용을 쉽게 확인할 수 있도록 하거나 이를 문서화할 수 있는 장치와 절차가 마련되어 있어야 하며, 필요시 다른 정보보존 장치에 복제가 가능하도록 되어 있을 것

3. 정보보존 장치가 거래 내용 및 변동사항을 포괄하고 있어야 하며, 과세표준과 세액을 결정할 수 있도록 검색과 이용이 가능한 형태로 보존되어 있을 것

② 제1항에 따른 전자기록의 보전방법(保全方法), 그 밖에 필요한 사항은 국세청장이 정한다.

③ 법 제85조의3제4항 단서에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 문서를 말한다.

1. ｢상법 시행령｣ 등 다른 법령에 따라 원본을 보존하여야 하는 문서

2. 등기ㆍ등록 또는 명의개서가 필요한 자산의 취득 및 양도와 관련하여 기명날인 또는 서명한 계약서

3. 소송과 관련하여 제출ㆍ접수한 서류 및 판결문 사본. 다만, 재발급이 가능한 서류는 제외한다.

4.인가ㆍ허가와 관련하여 제출ㆍ접수한 서류 및 인ㆍ허가증. 다만, 재발급이 가능한 서류는 제외한다.

 

○ 전자문서 및 전자거래 기본법 제4조【전자문서의 효력】

① 전자문서는 다른 법률에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 전자적 형태로 되어 있다는 이유로 문서로서의 효력이 부인되지 아니한다.

② 보증인이 자기의 영업 또는 사업으로 작성한 보증의 의사가 표시된 전자문서는 ｢민법｣ 제428조의2제1항 단서에도 불구하고 같은 항 본문에 따른 서면으로 본다.

③ 별표에서 정하고 있는 법률에 따른 기록ㆍ보고ㆍ보관ㆍ비치 또는 작성 등의 행위가 전자문서로 행하여진 경우 해당 법률에 따른 행위가 이루어진 것으로 본다.

 

○ 전자문서 및 전자거래 기본법 제5조【전자문서의 보관】

① 전자문서가 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우에는 그 전자문서를 보관함으로써 관계 법령에서 정하는 문서의 보관을 갈음할 수 있다.

1. 전자문서의 내용을 열람할 수 있을 것

2. 전자문서가 작성 및 송신ㆍ수신된 때의 형태 또는 그와 같이 재현될 수 있는 형태로 보존되어 있을 것

3. 전자문서의 작성자, 수신자 및 송신ㆍ수신 일시에 관한 사항이 포함되어 있는 경우에는 그 부분이 보존되어 있을 것

② 종이문서나 그 밖에 전자적 형태로 작성되지 아니한 문서(이하 “전자화대상문서”라 한다)를 정보처리시스템이 처리할 수 있는 형태로 변환한 문서(이하 "전자화문서"라 한다)가 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우에는 그 전자화문서를 보관함으로써 관계 법령에서 정하는 문서의 보관을 갈음할 수 있다. 다만, 다른 법령에 특별한 규정이 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 전자화문서가 전자화대상문서와 그 내용 및 형태가 동일할 것2. 제1항 각 호의 요건을 모두 갖출 것

③ 전자화대상문서와 전자화문서의 내용 및 형태의 동일성에 관한 요건, 전자화문서의 작성 방법 및 절차, 그 밖에 필요한 사항은 과학기술정보통신부장관이 정하여 고시한다.

④ 제1항과 제2항을 적용할 때 송신 또는 수신만을 위하여 필요한 부분은 전자문서 또는 전자화문서로 보지 아니할 수 있다.

 

○ 전자문서 및 전자거래 기본법 제31조의2【공인전자문서센터의 지정】

① 과학기술정보통신부장관은 전자문서보관등의 안전성과 정확성을 확보하기 위하여 전자문서보관등에 관하여 전문성이 있는 자를 공인전자문서센터로 지정하여 전자문서보관 등을 하게 할 수 있다.

② 공인전자문서센터로 지정받을 수 있는 자는 법인 또는 대통령령으로 정하는 국가기관 등으로 한정한다.

③ 공인전자문서센터로 지정을 받으려는 자는 전자문서보관 등에 필요한 인력ㆍ기술능력ㆍ재정능력과 제31조의9제6항에 따른 인적ㆍ물적 측면에서 독립성 및 그 밖의 시설ㆍ장비 등을 갖추어 과학기술정보통신부장관에게 지정을 신청하여야 한다.

④제1항과 제3항에 따른 공인전자문서센터의 인력ㆍ기술능력ㆍ재정 능력과 그 밖의 시설ㆍ장비 등의 지정기준, 지정방법 및 지정절차에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 

○ 소득세법 제127조【원천징수의무】

① 국내에서 거주자나 비거주자에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 지급하는 자(제3호의 소득을 지급하는 자의 경우에는 사업자 등 대통령령으로 정하는 자로 한정한다)는 이 절의 규정에 따라 그 거주자나 비거주자에 대한 소득세를 원천징수하여야 한다.

1. 이자소득

2. 배당소득

3. 대통령령으로 정하는 사업소득(이하 "원천징수대상 사업소득"이라 한다)4. 근로소득. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득은 제외한다.

가. 외국기관 또는 우리나라에 주둔하는 국제연합군(미군은 제외한다)으로부터 받는 근로소득나. 국외에 있는 비거주자 또는 외국법인(국내지점 또는 국내영업소는 제외한다)으로부터 받는 근로소득. 다만, 다음의 어느 하나에 해당하는 소득은 제외한다.

1) 제120조제1항 및 제2항에 따른 비거주자의 국내사업장과「법인세법」제94조제1항 및 제2항에 따른 외국법인의 국내사업장의 국내원천소득금액을 계산할 때 필요경비 또는 손금으로 계상되는 소득

2) 국외에 있는 외국법인(국내지점 또는 국내영업소는 제외한다)으로부터 받는 근로소득 중 제156조의7에 따라 소득세가 원천징수되는 파견근로자의 소득

5. 연금소득

6. 기타소득. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득은 제외한다.

가. 제8호에 따른 소득

나. 제21조제1항제10호에 따른 위약금ㆍ배상금(계약금이 위약금ㆍ배상금으로 대체되는 경우만 해당한다)

다. 제21조제1항제23호 또는 제24호에 따른 소득

7. 퇴직소득. 다만, 제4호 각 목의 어느 하나에 해당하는 근로소득이 있는 사람이 퇴직함으로써 받는 소득은 제외한다.

8. 대통령령으로 정하는 봉사료

 

○ 소득세법 제113조【특별소득공제 및 특별세액공제】

① 법 제52조(특별소득공제) 또는 제59조의4(특별세액공제)를 적용받으려는 사람은 기획재정부령으로 정하는 서류를 다음 각 호에 규정된 날까지 원천징수의무자·납세조합 또는 납세지관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 법 제52조제1항에 따른 보험료와 원천징수의무자가 급여액에서 일괄공제하는 기부금에 대해서는 그러하지 아니하다.

1. 근로소득이 있는 사람(법 제127조제1항제4호 각 목의 어느 하나에 해당하는 근로소득이 있는 사람 중 납세조합에 가입하지 아니한 사람은 제외한다)은 해당 과세기간의 다음 연도 2월분의 급여를 받는 날(퇴직한 경우에는 퇴직한 날이 속하는 달의 급여를 받는 날)

2. 법 제127조제1항제4호 각 목의 어느 하나에 해당하는 근로소득이 있는 사람 중 납세조합에 가입하지 아니한 사람은 종합소득과세표준 확정신고기한

② 제216조의3에 따라 소득공제 및 세액공제 증명서류가 국세청장에게 제출되는 경우에는 제1항 본문에도 불구하고 법 제52조 또는 제59조의4를 적용받고자 하는 자는 기획재정부령이 정하는 서류를 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)할 수 있다.